Unter „Bühnen“ versteht das HZK Wissenschaftsräume mit Laborcharakter, in denen interdisziplinäre wissenschaftliche Arbeit als Prozesse des Forschens und Auseinandersetzungen mit wegweisenden Fragestellungen einer breiten Öffentlichkeit kommuniziert werden.
Das HZK betreibt zwei Räume dieser Art. Zum einen das Humboldt Labor im Humboldt Forum und zum anderen das Tieranatomischen Theater (TA T).
Die Kleine Humboldt Galerie (KHG), die ebenfalls am HZK angesiedelt ist, ist eine studentische Initiative zur Konzeption und Realisierung von Ausstellungen an der Humboldt-Universität zu Berlin.